Audrey Parker est une agent du FBI avec un esprit ouvert et sans aucun parent connu. Lorsqu'elle est envoyée dans la petite ville de Haven, Maine pour enquêter et traquer un évadé de prison, elle découvre que Haven est différente de toutes les autres villes. C'est une ville où vivent de nombreuses personnes "troublées" - des personnes qui possèdent des capacités surnaturelles, comme changer le temps, faire vivre des cauchemars ou même la télépathie.
Audrey est plongée dans une multitude d'affaires alors qu'elle s'associe avec Nathan Wuornos, un jeune et brillant officier de police au département de police local. Il est bientôt découvert que la ville de Haven a déjà été confrontée à des phénomènes surnaturels, connus sous le nom de "les Troubles". De plus, il devient évident que le passé d'Audrey est d'une manière ou d'une autre lié à Haven et aux Troubles.