En 1941, un Lituanien tue son voisin juif, Isaac, lors du massacre au garage de Lietukis. Vingt-cinq ans plus tard, en Lituanie soviétique, le réalisateur Gediminas Gutauskas revient des États-Unis avec le scénario d'un film qui dépeint en détail le massacre du garage de Lietukis et décrit une situation particulière où Isaac, le juif, est tué. Le scénario est ensuite porté à l'attention et étudié par le KGB. Pourquoi un réalisateur, qui a déménagé aux États-Unis, retourne-t-il en Lituanie soviétique ? Pourquoi son scénario est-il si exceptionnellement fidèle à l'histoire du massacre, comme s'il en aurait été témoin lui-même ? Peut-être connaît-il quelqu'un qui a assisté lui-même au massacre ? Les séquelles du meurtre reviennent de nombreuses années plus tard pour paralyser la vie et l'amour. ISAAC est un voyage dans le passé et son monde pourri, basé sur le meurtre pourri du voisin Isaac.