Sacha, Pikachu et le reste du gang Pokémon essaient d'arrêter deux voleurs qui se cachent dans les canaux et les ruelles d'Alto Mare, la capitale mondiale de l'eau. Deux nouveaux Pokémon rejoignent l'aventure, un couple frère/sœur nommé Latias et Latios qui protègent la Gouttelette du Cœur - un trésor précieux.