Ganon et ses sbires se sont emparés de la paisible île de Koridai et ont emprisonné Zelda. Seul Link peut vaincre Ganon. Pour ce faire, il doit conquérir les visages hideux du mal... tous plus diaboliques les uns que les autres. Contre toute attente, Zelda doit être libérée et Koridai doit retrouver l'harmonie.