Ganon ve yardakçıları, barışçıl Koridai adasını ele geçirdi ve Zelda'yı hapse attı. Sadece Link Ganon'u yenebilir. Bunu yapmak için, her biri bir öncekinden daha şeytani olan kötülüğün korkunç yüzlerini fethetmelidir. Her şeye rağmen, Zelda serbest bırakılmalı ve Koridai yeniden uyum sağlamalıdır.