Sept artistes martiaux de la Terre doivent combattre dans le tournoi super secret du sorcier Shang Tsung. Au cours des 9 derniers tournois, Goro, le garde du corps mutant à quatre bras de Shang Tsung, les a tous remportés. S'il gagne le dixième, la Terre sera laissée à la merci de l'Outworld de Shang Tsung. Les personnages jouables incluent Raiden, le dieu du tonnerre invité à se battre dans le tournoi, sous forme humaine (et donc tuable) ; Liu Kang, un moine Shaolin déterminé à arrêter Shang Tsung ; Johnny Cage, une star de cinéma hollywoodienne qui veut la publicité ; Sonya Blade, un agent des forces spéciales américaines ; Kano, un tyran poursuivi par Sonya Blade ; Sub-Zero, un ninja mercenaire chargé d'assassiner Shang Tsung et Scorpion, un ninja assassiné qui a été ramené d'entre les morts pour tenter de tuer Sub-Zero, l'homme qui l'a assassiné.