Marre des pertes continues dans la bataille du tournoi, Shao Kahn, qui avait perdu contre Liu Kang dans le tournoi Outworld, met en œuvre un plan vieux de 10 000 ans. Il demanderait à ses prêtres fantômes, dirigés par Shang Tsung, de faire revivre son ancienne reine Sindel, décédée de manière inattendue à un jeune âge. Cependant, elle ne serait pas ressuscitée dans l'Outworld. Elle serait ressuscitée dans le Royaume de la Terre. Cela permettrait à Shao Kahn de franchir les frontières et de récupérer sa reine. Lorsque Sindel se réincarne dans le Royaume de la Terre, Shao Kahn traverse les dimensions pour la récupérer. À la suite de son action, le Royaume de la Terre devient une partie de l'Outworld, tuant des milliards instantanément. Seuls quelques-uns sont épargnés, car Rayden protège leurs âmes. Il leur dit que Shao Kahn doit être arrêté, mais il ne peut pas intervenir ; en raison de son statut, il n'a aucun pouvoir dans Outworld et Earth Realm est partiellement fusionné avec Outworld. Shao Kahn a déchaîné des escouades d'extermination pour parcourir le royaume de la Terre et tuer tous les survivants. De plus, la protection de Raiden ne s'étend qu'à l'âme, pas au corps, donc ses guerriers choisis doivent combattre les escouades d'extermination et repousser Shao Kahn. Finalement, d'une manière ou d'une autre, tous les humains d'Earthrealm reviennent.