Depuis qu'il est petit, Takashi Natsume a pu voir ce que les autres ne pouvaient pas voir, à savoir des esprits monstrueux connus sous le nom de Yokai. La défunte grand-mère de Natsume, Reiko, défiait Yokai à des concours et ceux qui perdaient devaient signer un contrat avec elle, attachant leurs noms à son "Yujin-cho". Depuis que Natsume a hérité du livre, avec Nyanko Sensei, son garde du corps autoproclamé, il passe ses journées à essayer de rendre les noms à l'intérieur du livre à leurs propriétaires. Natsume était occupé à naviguer entre les humains et Yokai lorsqu'il rencontre par hasard un ancien camarade de classe, Yuki. Il rappelle des souvenirs douloureux d'un certain Yokai. Pendant ce temps, Natsume rencontra également Yorie Tsumura, une femme à la mémoire d'un Yokai dont elle avait rendu le nom. Yorie en savait beaucoup sur Reiko, mais maintenant elle vivait une vie paisible avec son fils unique, Mukuo. Être avec cette famille était réconfortant pour Natsume, mais apparemment, un mystérieux Yokai se cachait dans leur ville. Au retour de...