Le maléfique Bydo Empire revient dans cette entrée de la série R-Type. Montez donc dans le dernier vaisseau de type R, le R-90, et parcourez six niveaux à défilement latéral pour détruire le vaisseau-mère Bydo. Le gameplay est toujours la méthode R-Type classique avec des niveaux et des boss énormes. Avec votre unité laser détachable, vous pouvez tirer devant ou derrière votre vaisseau. Le R-Type III dispose désormais de trois types d'unités laser différents, sélectionnables au début d'une partie. Chacun propose différents types de laser en fonction des power-ups collectés.