El malvado Bydo Empire regresa en esta entrada de la serie R-Type. Así que sube a la última embarcación tipo R, el R-90, y atraviesa seis niveles de desplazamiento lateral en tu camino para destruir la nave nodriza Bydo. El juego sigue siendo el clásico R-Type con niveles y jefes enormes. Con su unidad láser desmontable, puede disparar delante o detrás de su barco. R-Type III ahora cuenta con tres tipos diferentes de unidades láser, seleccionables al comienzo de un juego. Cada uno ofrece diferentes tipos de láser en función de los potenciadores recopilados.