Shaun est un mouton qui ne suit pas le troupeau - en fait, il les entraîne dans toutes sortes d'égratignures et de rebuts, transformant la paix dans la vallée en chaos dans la prairie. Shaun et ses copains courent autour de leur pauvre chien de berger Bitzer, alors qu'il essaie d'empêcher le fermier de découvrir ce qui se passe derrière son dos. Chaque jour apporte une nouvelle aventure pour Shaun.