St. Agatha se situe dans les années 1950 dans une petite ville de Géorgie, où une femme enceinte en fuite cherche refuge dans un couvent caché dans une isolation assourdissante.
Ce qui commence comme l'endroit parfait pour accoucher se transforme en un sombre endroit où le silence est imposé, les secrets horribles sont masqués, et chaque once de volonté d'Agatha est mise à l'épreuve.
Elle découvre bientôt la vérité malade et tordue du couvent et des étranges personnes qui rôdent dans ses couloirs.
Agatha doit maintenant trouver un moyen de découvrir la force inébranlable nécessaire pour s'échapper et sauver son bébé avant d'être enfermée derrière ces murs pour toujours.