St. Agatha spielt in den 1950er Jahren in einer kleinen Stadt in Georgia, wo eine schwangere Betrügerin auf der Flucht Zuflucht in einem abgelegenen Kloster sucht. Was zunächst als der perfekte Ort, um ein Kind zu bekommen, beginnt, wird zu einer dunklen Schicht, in der Stille erzwungen wird, grässliche Geheimnisse verborgen sind und jeder Funken Willenskraft von Agatha auf die Probe gestellt wird.
Sie erfährt bald die kranke und verdrehte Wahrheit des Klosters und der seltsamen Menschen, die in seinen Hallen lauern. Agatha muss nun einen Weg finden, die unerschütterliche Stärke zu entdecken, die nötig ist, um zu entkommen und ihr Baby zu retten, bevor sie für immer hinter diesen Mauern eingesperrt wird.