Le lycéen solitaire Kimihiro Watanuki a un secret, il peut voir des fantômes, un cadeau ou une malédiction dont il pourrait aussi bien se passer. Un jour, il est attiré par la maison de Yuko ichihara, une sorcière dimensionnelle autoproclamée qui propose de le guérir en échange d'une durée indéterminée de service en tant que servante. Watanuki et ses amis sont lentement entraînés dans un monde de fantômes, de Dieu et de démons, et une bataille sans fin entre les forces de la positivité et des ténèbres.