Chise è una piccola, timida e goffa studentessa delle superiori che è riuscita a trovare il coraggio di chiedere a Shuji, un ragazzo alto, sicuro e atletico della sua classe, di essere il suo ragazzo. I due formano una coppia carina, ma le loro vite come li conoscono vengono gettate nel caos quando la guerra inizia a fare a pezzi il Giappone. Ancora più orribile, Chise viene presa da un gruppo sconosciuto e il suo corpo viene trasformato nell'arma definitiva dell'esercito. Con la consapevolezza di ciò che è diventata la sua ragazza, Shuji fatica a trattenere la Chise che ama, anche se i militari la usano per le loro battaglie e anche il resto dei suoi amici sono coinvolti nel conflitto crescente. Nel frattempo, Chise lotta per mantenere la sua umanità, temendo che se stessa come arma un giorno possa sopraffare e distruggere se stessa come umana.