I fratelli viaggiano indietro nel tempo per recuperare la Principessa Peach, solo per trovarsi faccia a faccia con versioni infantili di se stessi, la principessa e Bowser. Fare squadra con i loro giovani sé manderà presto Mario e Luigi in una ricerca di proporzioni folli poiché i giocatori devono controllare sia la versione per adulti che per bambini degli eroi del Regno dei Funghi. I giocatori usano lo schermo superiore per studiare la terra, tenere traccia della coppia di fratelli non sotto il loro controllo o massimizzare le mosse combo in battaglia.