Os irmãos viajam no tempo para recuperar a Princesa Peach, apenas para ficar cara a cara com versões infantis de si mesmos, a princesa e Bowser. Juntar-se aos seus eus jovens em breve enviará Mario e Luigi em uma busca de proporções lunáticas, já que os jogadores devem controlar as versões adulta E infantil dos heróis do Mushroom Kingdom. Os jogadores usam a tela superior para estudar a terra, rastrear o par de irmãos que não estão sob seu controle ou maximizar os movimentos de combinação na batalha.