Dieci anni fa, il malvagio scienziato Dr. Hell guidò i suoi malvagi seguaci, conosciuti come l'Impero Sotterraneo, in una lotta per distruggere l'intera umanità. Fu contro queste forze che combatté il giovane eroe Koji Kabuto, pilotando il leggendario super robot "Mazinger Z". La vittoria di Koji ha fermato il piano malvagio del Dr. Hell e ha restituito la pace alla Terra. Ora Koji ha lasciato il posto di pilotaggio alle spalle ed è diventato uno scienziato a pieno titolo, seguendo le orme di suo padre e suo nonno. Eppure un incontro inaspettato nelle profondità del Monte. Fuji innesca una minaccia ancora più grande per l'umanità che mai e altera per sempre il destino di Koji. Con il destino dell'umanità nelle loro mani, Koji e Mazinger Z devono scegliere tra il bene e il male.