Dez anos atrás, o vilão cientista Dr. Hell liderou seus perversos seguidores, conhecidos como o Império Subterrâneo, em uma luta para destruir toda a humanidade. Foi contra essas forças que o jovem herói Koji Kabuto lutou, pilotando o lendário super robô "Mazinger Z." A vitória de Koji parou o plano maligno do Dr. Hell e devolveu a paz à Terra. Agora Koji deixou o assento do piloto para trás e se tornou um cientista por direito próprio, seguindo os passos de seu pai e avô. No entanto, um encontro inesperado nas profundezas do Monte. Fuji desencadeia uma ameaça ainda maior para a humanidade do que nunca e altera o destino de Koji para sempre. Com o destino da humanidade em suas mãos, Koji e Mazinger Z enfrentam uma escolha entre o bem e o mal.