2199 d.C. Yamato cerca di lasciarsi alle spalle la galassia della Grande Nube di Magellano dopo aver ricevuto un Cosmo Reverse System a destinazione, Iscandar. Tuttavia, improvvisamente incontra un misterioso gruppo ai margini della Grande Nube di Magellano. L'equipaggio scopre che il gruppo si chiama Gatlantis e che il suo leader è il comandante della forza di spedizione Gutaba che si fa chiamare Goran Dagam of Thunder. Il comandante chiede che Yamato gli venga consegnato. Yamato, volendo affrettarsi sulla Terra, sfugge alla mischia. Tuttavia, Yamato viene attaccato da un'arma a raggio devastante chiamata Flame Direct Attack Cannon che può trascendere lo spazio. Yamato riesce a ritirarsi, ma finisce per perdersi e si ritrova in una dimensione irregolare dai colori strani. L'equipaggio decide di spegnere il motore della nave ed esplorare un pianeta misterioso. Per raccogliere informazioni Kodai, Kiryuu, Sawamura, Niimi e Aihara atterrano sul pianeta. Quello che vedono quando arrivano è una nave che non dovrebbe essere lì. Dagam...