2199 d.C. Yamato intenta dejar atrás la galaxia Gran Nube de Magallanes después de recibir un Cosmo Reverse System en su destino, Iscandar. Sin embargo, de repente se encuentra con un grupo misterioso al borde de la Gran Nube de Magallanes. La tripulación descubre que el grupo se llama Gatlantis, y que su líder es el comandante de la fuerza expedicionaria de Gutaba que se hace llamar Goran Dagam of Thunder. El comandante exige que le entreguen Yamato. Yamato, queriendo apresurarse a la Tierra, escapa de la refriega. Sin embargo, Yamato es atacado por un devastador arma de rayos llamada Flame Direct Attack Cannon que puede trascender el espacio. Yamato es capaz de retirarse, pero termina perdiéndose y se encuentra en una dimensión irregular de colores extraños. La tripulación decide apagar el motor de la nave y explorar un planeta misterioso. Para recopilar información, Kodai, Kiryuu, Sawamura, Niimi y Aihara aterrizan en el planeta. Lo que ven cuando llegan es un barco que se supone que no debe estar allí. Dagam ...