Jonathan Archer, il capitano della NX-01 Enterprise, viene chiesto dai Vulcaniani di recuperare una delle loro navi scomparse. Individua e salva la nave dai Romulani, ma il misterioso capitano della nave T'Uerell decide di usarlo per il proprio guadagno. Prima Archer, poi Kirk e infine Picard, Sisko e Janeway, dovranno affrontare questo pericoloso individuo nelle proprie epoche per salvare il Quadrante Alpha. Mentre Archer, Kirk e Picard recitano ciascuno in un terzo del gioco, Sisko e Janeway compaiono solo in due delle missioni di Picard.