Jonathan Archer, o capitão da NX-01 Enterprise, é solicitado pelos vulcanos para recuperar uma de suas naves que desapareceu. Ele localiza e salva o navio dos Romulanos, mas o misterioso capitão T'Uerell do navio decide usá-lo para seu próprio benefício. Primeiro Archer, depois Kirk e, finalmente, Picard, Sisko e Janeway, todos terão que enfrentar esse indivíduo perigoso em suas próprias eras para salvar o Quadrante Alfa. Enquanto Archer, Kirk e Picard protagonizam um terço do jogo, Sisko e Janeway aparecem apenas em duas das missões de Picard.