L '"Agenzia" segreta di Washington D.C. invia Gabe Logan e il suo partner Lian Xing in giro per il mondo per indagare su una recente epidemia di armi virali da parte di un terrorista tedesco di nome Erich Rhoemer. Vanno a New York City e in molti posti in Russia per porre fine a queste azioni. Si ritiene inoltre che sia coinvolta PHARCOM, una società biotecnologica che stava aiutando a indagare su questi focolai virali. Syphon Filter è una super arma che se finita nelle mani sbagliate può portare il mondo intero sotto il controllo dei terroristi, ma chi la finanzia?