Il gioco segue le gesta del potente ninja Yaiba Kamikaze. Yaiba faceva parte di un clan che metteva alla prova le abilità dei suoi ninja confrontandole con un membro altamente qualificato; in questo caso era Yaiba che dovevano affrontare. Tuttavia, dopo essersi stancato del suo lavoro, Yaiba alla fine decide di massacrare il suo stesso clan e lasciare i sopravvissuti alla morte. Ad un certo punto incontra il pilastro del franchise Ryu Hayabusa e decide di sfidarlo, sostenendo che è il nemico più debole che Yaiba abbia incontrato finora. Durante la battaglia scopre il contrario mentre Ryu taglia il braccio sinistro e l'occhio di Yaiba, uccidendolo.In seguito, Yaiba viene scoperto da una misteriosa organizzazione che lo riporta in vita e gli ripristina le parti del corpo perdute con duplicati meccanizzati, trasformandolo così in un cyborg. Yaiba scopre che è iniziata un'epidemia di zombi e che Ryu ha cercato la fonte dell'infezione. Decide di lavorare con l'organizzazione che lo ha resuscitato per esigere la sua vendetta ...