2977: Por muitos anos uma poderosa batalha foi travada entre as galáxias como 500 bilhões de humanos, cujos antepassados foram exilados da Terra, planejam retornar ao que ainda é chamado de lar. Forçados a fugir de uma Terra devastada, os humanos esgotaram os cantos da galáxia para onde fugiram. A Terra agora se tornou o recurso mais valioso e precioso de todos, controlado pela corrupta Gaia Coalition que governa a raça humana em diferentes galáxias. Tendo sido exilado e vilipendiado durante a batalha da Guerra de Boas-vindas, o Capitão Harlock e sua confiável tripulação do cruzador de batalha Arcádia são a única esperança que a humanidade tem de descobrir os segredos que Gaia manteve ocultos. A Coalizão exigiu a morte de Harlock e o novo líder da Frota de Gaia, Ezra, convoca seu irmão mais novo, Logan, para se infiltrar na Arcádia e, em seguida, assassinar Harlock, erradicando assim para sempre o único homem entre a Coalizão e seu controle total do Universo. Logan deve fazer um muito pessoal ...