Gosick se passa no fictício país europeu de Sauville na década de 1920. Kazuya Kujo é um estudante transferido para a Academia St. Marguerite, um lugar onde os mitos e superstições são abundantes. Enquanto está lá, ele encontra Victorique, uma garota misteriosa, mas muito inteligente, que passa seus dias na reclusão da biblioteca lendo todo o seu conteúdo ou resolvendo mistérios que os detetives locais não podem resolver.