A sequência de um dos jogos de RPG mais populares, "Kingdom Hearts". Desta vez, o Gamboy avançou. A história começa imediatamente de onde você parou no último jogo, viajando pela estrada em busca de Riku e do Rei Mickey. Sora, o protagonista da história, junto com seus amigos Donald e Pateta, estão em uma missão para restaurar a paz, livrar o mundo das trevas e, acima de tudo, encontrar seus amigos. Sora chega a uma bifurcação na estrada e é confrontado por um homem misterioso em uma capa preta. O "Homem Egnimatic" avisa Sora "Adiante está algo que você precisa, mas para reivindicá-lo, você deve perder algo caro." Sora e sua gangue são então levados para Castle Oblivion, onde eles revisitam mundos, velhos amigos que os esqueceram, e lentamente perdem suas próprias memórias também. Nessa busca, uma pergunta ainda não foi respondida: O que Sora vai ganhar e o que ele vai perder?