Sam Fisher é um agente de elite Black-Ops chamado Splinter Cell. Quando dois agentes do governo disfarçados na Geórgia desaparecem, Sam é enviado pelo Third Echelon para investigar. Ele descobre que o presidente georgiano está conspirando com mercenários e especialistas em computação para algum tipo de plano mestre e, apesar de Sam interrogar vários membros envolvidos, ele tem dificuldade em obter mais informações, até que seja tarde demais. O que se segue é um turbilhão de conspirações, backstabs políticos e pandemônio completo.