Depois de escapar da morte durante a batalha feroz com o enorme cefalópode em Mega Shark vs. Giant Octopus (2009), mais uma vez, Megalodon, a besta pré-histórica do mar, vagueia livre no oceano aberto, causando estragos. No entanto, desta vez, um adversário ainda maior emerge das profundezas escuras das minas de diamante do Congo, quando um crocossauro primevo gigantesco vê a luz do dia, deixando um rastro de destruição em seu rastro. Inevitavelmente, as duas criaturas de pesadelo terão que se confrontar e, nessa luta final, só pode haver um vencedor. O dispositivo ultrassônico do Dr. Terry McCormick e a poderosa Marinha dos EUA são capazes de evitar essa nova ameaça imparável?