O lince desaparecido conta-nos a história de um grupo de animais dos quais pretendem escapar de Noe. Noe é um velho bilionário excêntrico que quer construir seu próprio arco Noe para salvar os animais em extinção. Este velho recruta Newmann, o melhor caçador do mundo. Este personagem quer apenas ser pago pelos seus serviços mas, mesmo com a sua reputação, encontra alguns problemas na sua tarefa. Félix, um lince ibérico de tanto azar (principal motivo pelo qual se acredita ser uma espécie em extinção) que lidera um estranho grupo de animais tenta enfrentar as intenções de Newmann e libertar as espécies capturadas.