Ayumu Narumi, um contemplativo calouro no colégio, vê sua vida mudada quando é culpado pela queda de uma garota de um prédio escolar. Usando apenas observação perspicaz e seu incrível talento para lógica dedutiva, ele descobre a verdade por trás do incidente e se esclarece, para o espanto de sua irmã detetive de polícia e Kiyono Yuizaki, o empreendedor presidente do Clube de Jornalismo. Esse caso prova ser o início de uma estranha onda de crimes que Ayumu descobre que são cometidos pelos misteriosos Blade Children. Apesar das objeções de sua irmã, ele investiga esses crimes com a ajuda de Kiyono, que tem grande astúcia própria. Enquanto isso, os Blade Children aprendem sobre seu novo oponente e começam a pará-lo em forma de quebra-cabeças lógicos mortais que levarão todo o brilho de Ayumu para frustrar. Ao mesmo tempo, ele descobre segredos obscuros sobre si mesmo, as crianças e sua conexão com eles.