Em 2202, três anos após a batalha com os Gamilas, as pessoas no Sistema Solar estão finalmente em paz e a Terra foi restaurada à vida. Com o fim da guerra, há um tratado de paz entre a Terra e Gamilas, que fortalecerá seus laços militares e garantirá uma paz verdadeira. Além da reconstrução da Terra, as forças combinadas formam uma nova frota de defesa intergaláctica com uma nova nave espacial, Andrômeda, para ser seu novo símbolo de poder. Por causa desses avanços, a Terra está em um caminho de expansão militar, apesar dos desejos da Rainha Starsha de paz pela galáxia. No entanto, quando uma nova ameaça chamada Gatlantis, amplamente conhecida como Império do Cometa Branco, começa a causar estragos em uma galáxia recém-reformada, a Deusa Teressa chama o Yamato mais uma vez para lutar contra a nova ameaça.