O ano é 2054 e 2 espécies alienígenas escolheram a Terra como campo de batalha para sua guerra. A humanidade tentou revidar, usando mechs chamados Skells, mas não conseguiu resistir. Sentindo a destruição da Terra, os governos escolhem que a humanidade evacue a Terra em uma grande espaçonave conhecida como 'Baleia Branca'. No entanto, eles foram perseguidos por uma das raças alienígenas e, atraídos para o campo gravitacional de um planeta próximo, a nave se dividiu e caiu. Milagrosamente, houve muitos sobreviventes, mas muitos deles estão perdidos em lugares ao redor do planeta, agora conhecidos como 'Mira'. O personagem principal personalizável, Cross, é um sobrevivente encontrado em um pod de estase em Primordia, o continente em que toda a cidade de New Los Angeles caiu.