Muitos anos no futuro, após as façanhas de Yugi Mutou, Domino City se tornou uma sombra de seu antigo eu: Neo Domino City. Existe uma forte divisão entre ricos e pobres, e colmatar essa lacuna prova ser difícil. Neo Domino parece adequado para se divertir com um novo evento selvagem chamado "Riding Duels", a mais nova forma de jogar o sempre popular jogo de cartas Duel Monsters. Entra Yusei Fudou, um jovem que vive à margem da lei, fazendo suas próprias regras. Seu desejo de recuperar o que é seu por direito de um velho amigo se transforma em muito mais do que ele e muitos de seus novos companheiros chamados de "Signatários" jamais esperariam.