Üniversite öğrencileri Kohta ve Yuka (Kohta'nın kuzeni), bir kumsalda onu çıplak gördüklerinde "Lucy" adlı bir Diclonius kızını kurtarırlar. Aslında "Lucy", hükümet tarafından aranmakta olan bir seri katildir, ancak kişiliği bölünmüş olduğu için "Lucy"nin gerçekte kim olduğunun farkında değildirler.