On dört yaşındaki garip ve içine kapanık Lain Iwakura, okulundan sınıf arkadaşı Chisa Yomoda'dan rahatsız edici bir e-posta alan pek çok kızdan biridir. Lain'in temel teknolojiyi bile kullanma arzusu ve deneyimi yoktur; yine de, teknofobi e-postayı açtığında, onu doğrudan internet olarak bildiğimize benzer sanal bir iletişim ağları dünyası olan Wired'a yönlendirir. Birbiri ardına gizemli gizemlerle karşılaşmaya başlayan Lain'in hayatı alt üst olur. Siyah Giyen Adamlar adındaki garip adamlar, nereye giderse gitsin ortaya çıkmaya başlar, ona sorular sorar ve bir şekilde onun hakkında kendisinin bile bildiğinden daha fazlasını bilir. Gerçeklik ve siber uzay arasındaki sınırların hızla bulanıklaşmasıyla birlikte Lain, kimlik, bilinç ve algının yeni anlamlar kazanan kavramlar olduğu daha gerçeküstü ve tuhaf olayların içine dalar.