Grundsätzlich setzt die Handlung dort fort, wo Descent aufgehört hat. Nachdem Vertigo 1 auf Charon Violate einen Krater von der Größe Nordamerikas in die Luft gesprengt hat, muss er sich auf den Weg zu einigen Weltraumminen machen, die tödlichere Feinde, neue Waffenprototypen und sogar ein außerirdisches Mutterschiff enthalten.