Fondamentalement, l'intrigue reprend là où Descent s'est arrêtée. Après avoir fait exploser un cratère de la taille de l'Amérique du Nord sur Charon Violate, Vertigo 1 doit se diriger vers des mines spatiales profondes, contenant des ennemis plus meurtriers, de nouveaux prototypes d'armes et même un vaisseau-mère extraterrestre.