In der nächsten Jahrhundert trägt ein umkonfigurierendes Schiff (denken Sie an einen "Transformer" mit einem Piloten) namens Macross fünfzigtausend Flüchtlinge in seinem Inneren, während es von riesigen humanoiden Kriegern verfolgt wird. Ein junger Pilot in der Armee namens Hikaru rettet sein Idol, die schöne Sängerin Lynn Minmay, vor den Riesen, als sie während eines Konzerts durch den Rumpf des Schiffes brechen - bei dem die Riesen schockiert sind, weibliche Wesen auf einem männlichen Schiff zu sehen - und sie tagelang in einem hinteren Teil des Schiffes gefangen sind.
Nach ihrer Rettung setzen Hikaru und Minmay ihre gute Beziehung fort, bis eine Spritztour in einem Kampftrainer Hikaru, seinen Staffelführer, Minmays Bruder, Minmay selbst und die taffe weibliche Operationskontrolleurin von den Riesen gefangen genommen werden, die sie darüber ausfragen, wie Männer und Frauen zusammen überleben können, ohne zu kämpfen.
Die weiblichen Gegenstücke der Riesen treffen ein, um Chaos unter ihren männlichen Feinden anzurichten, und in der daraus resultierenden Verwirrung werden Minmay und ihr Bruder festgehalten, während die anderen bei einem Fluchtversuch, der Staffelführer Roy Focker das Leben kostet und Hikaru und Kommandantin Misa Hayase auf einem nun völlig leblosen Erde stranden, entkommen.
Dies führt zu Enthüllungen auf allen drei Seiten des Konflikts über ihre Vergangenheit und Zukunft sowie die Ursprünge der Menschheit und die Kraft der Liebe und des Gesangs, während Hikaru mit seinen Gefühlen für Misa und Minmay kämpft und alles auf einen finalen Kampf zwischen der Macross und beiden Riesenflotten hinausläuft...