Dans le siècle suivant, un vaisseau de reconfiguration (pensez à un "Transformers" avec un pilote) appelé Macross transporte cinquante mille réfugiés à bord alors qu'il retourne sur Terre poursuivi par des guerriers humanoïdes géants.
Un jeune pilote de l'armée nommé Hikaru sauve son idole, la belle chanteuse Lynn Minmay, des géants alors qu'ils traversent la coque du vaisseau pendant un concert - pendant lequel les géants sont choqués de voir des femmes sur un vaisseau masculin - et ils sont piégés pendant des jours dans une cale arrière du vaisseau.
Après leur sauvetage, Hikaru et Minmay continuent à bien s'entendre jusqu'à ce qu'une virée en avion d'entraînement mette Hikaru, son chef d'escadron, le frère de Minmay, Minmay elle-même et la dure contrôleuse des opérations féminine capturés par les géants, qui les interrogent sur la façon dont les hommes et les femmes peuvent survivre ensemble sans se battre.
Les homologues féminins des géants arrivent pour semer le chaos parmi leurs ennemis masculins, et dans la confusion qui s'ensuit, Minmay et son frère sont détenus tandis que les autres s'échappent au prix de la vie du chef d'escadron Roy Focker et laissent Hikaru et le commandant Misa Hayase sur une Terre désormais totalement sans vie, ce qui conduit à des révélations sur les trois côtés du conflit concernant leur passé et leur avenir ainsi que les origines de l'humanité et le pouvoir de l'amour et de la chanson, tandis que Hikaru se débat avec ses sentiments pour Misa et Minmay et que tout converge vers une bataille finale entre le Macross et les deux flottes géantes...