Nel prossimo secolo, una nave da ricognizione (pensa a "Transformer" con un pilota) chiamata Macross trasporta cinquantamila rifugiati nel suo scafo mentre torna sulla Terra inseguita da giganteschi guerrieri umanoidi.
Un giovane pilota militare di nome Hikaru salva la sua idolo, la bellissima cantante Lynn Minmay, dai giganti mentre irrompono nello scafo della nave durante un concerto - durante il quale i giganti sono scioccati nel vedere femmine su una nave maschile - e rimangono intrappolati per giorni in un compartimento di poppa della nave.
Dopo il loro salvataggio, Hikaru e Minmay continuano ad andare d'accordo fino a quando un giro di gioia in un caccia addestratore fa catturare Hikaru, il suo capo squadrone, il fratello di Minmay, Minmay stessa e la dura controller delle operazioni femminile dai giganti, che li interrogano su come maschi e femmine possano sopravvivere insieme senza combattere.
Le controparti femminili dei giganti arrivano per seminare il caos tra i loro nemici maschi, e nella confusione che ne segue Minmay e suo fratello vengono detenuti mentre gli altri fuggono, un'azione che costa la vita al capo squadrone Roy Focker e lascia Hikaru e il comandante Misa Hayase su una Terra ormai completamente priva di vita, il che porta a rivelazioni su tutti e tre i lati del conflitto riguardanti il loro passato e il loro futuro, nonché le origini dell'umanità e il potere dell'amore e della canzone, mentre Hikaru si trova alle prese con i suoi sentimenti sia per Misa che per Minmay e tutto si prepara per una battaglia finale tra il Macross e entrambe le flotte giganti...