PURPLE HEART erzählt von Aufräumarbeiten, nachdem eine verdeckte Mission fehlgeschlagen war. Es ist die Geschichte von Colonel Allen, dem Anführer einer neuen Elite-Militäreinheit, die für verdeckte Operationen entwickelt wurde. Seine erste Mission: Ermordung von Saddam Hussein vor Beginn des Irakkriegs 2003. Sgt. Oscar Padilla ist der Scharfschütze, der für die Mission gegen Hussein ausgewählt wurde. Leider ist die Mission kompromittiert; Padilla wird von den Irakern gefangen genommen und gefoltert. Später wird Padilla gerettet, aber durch seine Tortur schwer beschädigt. Zurück in den Staaten flieht er aus der Sperrstation des Militärkrankenhauses, wo er behandelt wird. Angesichts dessen, was er über unseren illegalen Versuch eines politischen Attentats weiß, gilt er als gefährlich. Als Anführer der Einheit, die Padilla trainiert und die Mission ausgeführt hat, wird Colonel Allen mit spezifischen Befehlen geschickt, Padilla zu finden und das Problem dauerhaft zu lösen. Allen beabsichtigt, Padilla davon zu überzeugen, zurückzukommen. Der Film wirft Fragen nach den moralischen Verpflichtungen des Einsatzes militärischer Macht, den Methoden, mit denen wir unsere eigenen Soldaten ausbilden, und den Entscheidungen auf, die wir als Gesellschaft im Hinblick auf politische Morde treffen möchten.