Eines Tages wird Ratchet, ein Lombax (gelbes, menschenähnliches Wesen), Zeuge eines Raumschiffabsturzes auf seinem Heimatplaneten Veldin. Das Schiff wurde von Clank gesteuert, einem kleinen Roboter, der kurz nach seiner Erschaffung von seinem Heimatplaneten Quartu geflohen war, als er die schreckliche Wahrheit über die bösen Pläne zur Zerstörung der Galaxie des Vorsitzenden Drek entdeckt, dessen Heimatplanet so verschmutzt und unbewohnbar ist dass er einen listigen Plan entwickelt, um Teile bestehender Planeten zu extrahieren, um einen neuen "Superplaneten" zu schaffen. Als Clank Ratchet diese Informationen mitteilt, erklärt sich Ratchet bereit, Clank dabei zu helfen, Drek zu besiegen, angetrieben von dem lebenslangen Wunsch, ein interplanetares Abenteuer zu unternehmen, um seinem Idol Captain Qwark zu folgen. Ratchet und Clank fliegen von Planet zu Planet und bauen ein unglaubliches Waffenarsenal auf, in der Hoffnung, Drek einzuholen und zu besiegen. Er entdeckt jedoch bald, dass Drek beabsichtigt, Ratchets Heimatplaneten Veldin zu zerstören. Werden Ratchet und Clank Drek aufhalten, bevor es zu spät ist?