Guybrush Threepwood ist ein Möchtegern-Pirat, der gerade auf einer Insel in der Karibik namens Mêlée Island gelandet ist. Hier erfährt er von drei alten Rum-schlürfenden Piraten, dass es drei Dinge zu meistern gibt, um ein Pirat zu sein: Du musst wissen, wie man fechtet, wie man einen Schatz findet und wie man Beute stiehlt. Also sind Guybrushs erste Aufgaben, diese Dinge zu meistern.
Zum Beispiel, wenn du gegen jemanden fechtest, ist dein Schwertkampf nicht das Wichtigste, sondern was wirklich zählt sind deine Wits. Wenn du deinen Gegner beleidigst und er keine schlagfertige Antwort hat, bekommst du den Vorteil. Andererseits, wenn er eine schlagfertige Antwort hat, bekommt er den Vorteil. Guybrush lernt, wie man fechtet und Schätze findet und als er versucht, eine kleine Statue im Gouverneurspalast zu stehlen, trifft er auf die Gouverneurin, die sich als eine schöne junge Frau namens Elaine herausstellt und Guybrush verliebt sich in sie.
Zu seinem Entsetzen wird Elaine sofort nachdem er alle drei Aufgaben gemeistert hat, von dem Geisterpiraten LeChuck entführt, der von nun an Guybrushs Erzfeind sein wird. Er erfährt, dass sie auf die mysteriöse Monkey Island gebracht wurde und von einer Voodoo-Priesterin erfährt er, dass er dafür eine Karte, ein Schiff und eine Crew braucht.