In ferner Zukunft spielen Sie abwechselnd drei gegensätzliche Seiten eines interplanetaren Krieges. Zuerst spielst du die Menschen, während du gezwungen bist, deine eigene Art in Rebellion zu bekämpfen, selbst während die bösen Zerg auf dich vorstoßen. Dann spielst du die Zerg, die ihre erbarmungslose Eroberung durch die Galaxie machen. Schließlich spielst du einen Anführer der Protoss, einer fortgeschrittenen Rasse, die entschlossen ist, die Zerg zu besiegen, aber dazu einen Bürgerkrieg mit ihresgleichen und eine Allianz mit den menschlichen Rebellen der menschlichen Sektion erfordert.