Dans un futur lointain, vous incarnez, à tour de rôle, trois camps opposés d'une guerre interplanétaire. Tout d'abord, vous incarnez les humains alors que vous êtes obligé de combattre votre propre espèce en rébellion alors que les méchants Zergs avancent vers vous. Ensuite, vous incarnez les Zergs qui font leur impitoyable conquête à travers la galaxie. Enfin, vous incarnez un chef des Protoss, une race avancée qui est déterminée à vaincre les Zergs, mais pour ce faire, il faudra une guerre civile avec leur propre espèce et une alliance avec les rebelles humains de la section humaine.