Die Bewohner des Planeten Thundera evakuieren kurz bevor er zerstört wird. Sie wurden von einer Bande von Mutanten verfolgt. Alle bis auf eines ihrer Fluchtschiffe wurden zerstört. Nur eine kleine Gruppe von Thunderans (Thundercats) blieb übrig. Mit nur halber Motorleistung musste die von Jaga angeführte Gruppe Kurs auf den nächsten Planeten nehmen. Jaga kommandierte ihr Schiff, während die anderen 7 in ihren Stasis-Röhren waren. Jaga starb auf ihrer Reise zur Dritten Erde und ihr Schiff stürzte dort ab. Bald freundeten sie sich mit verschiedenen Gruppen in der Umgebung an und entwarfen eine Festung. Mumm-Ra, die jahrhundertealte Verkörperung des Bösen, ist zusammen mit den Mutanten, die den Rest der Thunderaner zerstört haben, eine ständige Bedrohung. Aber Lion-O, der neue Anführer der Thundercats, wird mit seiner Waffe, dem "Sword of Omens", den Thundercats zu einer dauerhaften Chance verhelfen.