Os habitantes do planeta Thundera evacuam pouco antes de ser destruído. Eles foram perseguidos por um bando de mutantes. Todas as naves de fuga, exceto uma, foram destruídas. Apenas um pequeno grupo de Thunderans (Thundercats) permaneceu. Com apenas metade da potência do motor, o grupo liderado por Jaga teve que definir um curso para o planeta mais próximo. Jaga comandou sua nave enquanto os outros 7 estavam em seus tubos de estase. Jaga morreu em sua jornada para a Terceira Terra e sua nave caiu lá. Logo eles fizeram amizade com vários grupos na área e projetaram uma fortaleza. Mumm-Ra, a personificação centenária do mal, junto com os mutantes que destruíram o resto dos Thunderans são uma ameaça constante. Mas Lion-O, o novo líder dos Thundercats, com sua arma a "Sword of Omens" ajudará os Thundercats a ter uma chance permanente.