Les habitants de la planète Thundera évacuent juste avant sa destruction. Ils ont été poursuivis par un groupe de mutants. Tous sauf un de leurs vaisseaux d'évacuation ont été détruits. Seul un petit groupe de Thunderans (Thundercats) est resté. Avec seulement la moitié de la puissance du moteur, le groupe, dirigé par Jaga, a dû mettre le cap sur la planète la plus proche. Jaga commandait leur vaisseau pendant que les 7 autres étaient dans leurs tubes de stase. Jaga est mort en route vers la Troisième Terre et leur vaisseau s'est écrasé là-bas. Bientôt, ils se sont liés d'amitié avec divers groupes de la région et ont conçu une forteresse. Mumm-Ra, l'incarnation du mal vieille de plusieurs siècles, ainsi que les mutants qui ont détruit le reste des Thunderans, sont une menace constante. Mais Lion-O, le nouveau chef des Thundercats, avec son arme, l'épée des "Omens", aidera les Thundercats à avoir une chance de se défendre.