Les habitants de la planète Thundera évacuent juste avant qu'elle ne soit détruite. Ils ont été poursuivis par une bande de mutants. Tous leurs navires de fuite, sauf un, ont été détruits. Seul un petit groupe de Thunderans (Thundercats) est resté. Avec seulement la moitié de la puissance du moteur, le groupe, dirigé par Jaga, devait mettre le cap sur la planète la plus proche. Jaga commandait leur vaisseau tandis que les 7 autres étaient dans leurs tubes de stase. Jaga est mort lors de leur voyage vers la Troisième Terre et leur vaisseau s'y est écrasé. Bientôt, ils se sont liés d'amitié avec divers groupes de la région et ont conçu une forteresse. Mumm-Ra, l'incarnation séculaire du mal, ainsi que les mutants qui ont détruit le reste des Thunderans sont une menace constante. Mais Lion-O, le nouveau chef des Thundercats, avec son arme l'"Épée des présages" aidera les Thundercats à avoir une chance réelle.